宏基因组分析专题研讨班

生物 宏基因组分析 出错

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会议说明

承办单位

北京市计算中心

协办单位:

云计算关键技术与应用北京市重点实验室
中国医药生物技术学会生物医学信息技术分会
北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心
中国生物工程杂志
北京唐唐天下生物医学信息科技有限公司

日期 授课题目 授课内容

第一天 宏基因学研究的发展和挑战 1、宏基因组研究的发展历史
2、典型的宏基因组研究及应用
3、两种宏基因组研究的策略
4、宏基因组数据分析中的挑战
5、数据分析过程中的编程简介

第一天 QIIME在宏基因组分析中的应用(上机操作) 1.linux常用命令使用和上机操作

2、单样品物种多样性分析
A)序列聚类OTUs(Operational Taxonomic Units)
B)测序深度判定(Rarefaction Curve)
C)物种多样性及丰度分析(Relative Abundances)
3、多样品物种多样性分析,包括以下内容:
A)多样品OTUs比较(OUT Heatmap、Venn图)
B)多样品相似度比对(UPGMA 聚类分析)
C)多样品群落构成比较分析(柱状图)
D)Weighted PCA(Principal Component Analysis)分析
E)Unweighted PCA分析
F)组间差异显著性分析

第二天上午 基于shotgun测序的宏基因组数据分析技术 一、WGS测序分析的一般流程

1 流程概览
2 文库构建和测序方式选择
3 质量控制和污染序列去除
4 序列整合和分选
5 NR-BLAST和MEGAN分析
6 序列拼接和基因预测注释
7 循环处理
二、经常使用的数据资源和工具(重点)
1 NR/MG-RAST和reference
2 RAPSearch和alignment
3 MEGAN和classification
4 SOAP-denovo和assembly
5 BWA/inGAP和mapping
三、数据统计与结果展示(重点)
1 测序量和拼接效率
2 从比对文件中提取信息
3 物种/功能分类和组成
4 群落结构多样性
5 聚类和相关性
6 其它……
四、WGS测序分析的典型案例
1 人类微生物组计划-HMP
2 地球微生物组计划-EMP
3 反刍动物胃宏基因组
4 环境病毒组和噬菌体
5 从相关案例看WGS的优势
五、一些工具的操作演示(上机)

第二天下午 宏基因组研究的难点:宏基因组拼接\非拼接策略的数据分析

1.宏基因组凭借必要性
2.基因组拼接组装算法原理和流程
3. 宏基因组拼接的特点及难点
4. 基于非拼接的宏基因组研究策略
5.上机操作,演示SOAPdenovo2, MetaIDBA, SPAdes等软件的使用

【注】:以上课程信息实际上课为准 
【收费标准】注册费2500元,包括学费、资料费、上机费。培训期间可免费提供午餐。

报名优惠政策

   1、1.20日前报名缴费的学员每人可优惠300元,
   2、3人以上团体报名每人可减少300元;
   3、4+1团报,可免费赠送一个名额
   4、 同时报2个以上培训班的可额外优惠200元
   5、上面4种优惠政策不能同时享受,只能享受其中一种。 

联系人

QQ号:2814500767 
于老师  010-59341771,  15600660904,   邮箱:yurt@bcc.ac.cn 

付费方式

现金、支票、银行转账、银行汇款 
                  单位全称:北京市计算中心 
                  账    号:0200151819100023937 
                  开户银行:中国工商银行股份有限公司北京永丰支行
(备注:在汇款明细里加上“生物计算事业部——您的姓名”)

报名回执单(见原链接)

http://bioc.bcc.ac.cn/bcc/China/shengwuxinxipeixun/2016-04-27/253.html

主办方

中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会

时间\地点

时间:2017年2月18日 -2017年2月19日
地点:北京  北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼