澳洲科学家发文表示无法重复NgAgo介导的基因编辑

上传 / 管理员 ·2016-12-16 韩春雨,NgAgo,生物学,分子生物学,BioArt 专栏

论文标题 / No evidence for genome editing of the endogenous DNA in mouse zygotes and HEK293T human cell line using the DNA-guided Natronobacterium gregoryi Argonaute (NgAgo)

作者 / Nay Chi Khin, Jenna Louise Lowe, Jensen M Lora and Gaetan Burgio

期刊 / BioRxiv

发表时间 / 2016-12-06

数字识别码 / 10.1101/091678

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本文经授权转载自公众号 BioArt(ID: BioGossip)。BioArt 致力于分享生命科学领域科研学术背后鲜为人知的故事。


BioArt按:12月6日,美国冷泉港实验室(CSHL)旗下的预印本网站BioRxiv发表了一篇来自澳大利亚国立大学题为“No evidence for genome editing of the endogenous DNA in mouse zygotes and HEK293T human cell line using the DNA-guided Natronobacterium gregoryi Argonaute (NgAgo)”的文章,该文直指NgAgo介导的基因编辑技术无法重复,值得注意的是该文的通讯作者Gaetan Burgio正是今年七月底最早一批质疑韩春雨NBT文章的科学家之一。据悉,BioRxiv在2013年底正式启动,旨在打造一个为生物学家专有的预印本文库,目标是加速科研传播,并在科学家的论文正式开始同行评议前,使其获得论文反馈的机会。尽管任何人可以在BioRxiv上提交论文,但是并不是所有提交的论文都能发表,提交的论文将会由一批相关科学家进行筛选。值得注意的是,BioRxiv上发表的论文都没有经过同行评议,尽管如此,在有美国冷泉港实验室的支持的背景下,这些文章具有非常高的价值,目前已经越来越受到同行的认可。

撰文丨蒋威

“诺奖”级别的基因编辑“神器” NgAgo在被广大科研人员和媒体“昙花一现”式 的热捧之后光环渐退,取而代之的是来自全球科研人员不断升级的质疑。其中,Australian National University 的遗传学家 Gaetan Burgio的质疑代表关于NgAgo的争论已经走向国际化。2016年7月29日Burgio 在他的博客中公开了NgAgo难以重复的实验细节,并在随后2016年8月8日Nature news 题为“Replications, ridicule and a recluse: the controversy over NgAgo gene-editing intensifies”的文章的采访中说到:“NgAgo可能,可能是有效的。但是即便是这样,仍然面临很多挑战,NgAgo不值得继续进行,因为它绝不会超越CRISPR”。


随后,在2016年11月11日,来自南通大学和复旦大学研究人员共同在Cell Research发文称在斑马鱼中NgAgo并没有显示出任何编辑基因的能力, 但能实现特定位点的基因表达敲低。这一正式的学术论文“暗示”韩春雨在NBT关于NgAgo可以编辑基因组的结果难以重复(详见BioArt此前的报道《BioArt原创丨NgAgo波澜再现—Cell Res发文否定NgAgo基因编辑功能,附论文作者点评》)。

如果说这篇论文还只是“暗示”,那么在随后而来的一篇发表11月15日在Protein & cell 又迅速以Letter形式在线发表了题为“Questions about NgAgo”“明示”的质疑文章。 该文章联合了国内外20名知名学者共同署名,驳斥了韩春雨关于NgAgo实验所谓的“高超的实验技巧”,非常针对性地否定了NgAgo的基因编辑功能,文章并呼吁“韩要澄清围绕NgAgo发生的一系列事情,并且尽可能的提供所有必要的细节以便重复实验”(详见此前BioArt的报道《【快讯】20位学者联名在Protein Cell发表否定NgAgo基因编辑文章丨BioArt原创》)。

随着NgAgo争议相关的同行评阅论文陆续发表,有关NgAgo 的争议再次回到公众视野。 11月24日凌晨Nature再次发文 “NgAgo gene-editing controversy escalates in peer-reviewed papers”报道了NgAgo争议有关的最新进展。报道说河北科大学(韩春雨所在单位)仍对这一争议拒绝发表任何评论,报道还提及到身处舆论焦点的NBT杂志社也正在慎重地处理这些争议(详见BioArt早前的报道《Nature:NgAgo争议再升级——围绕同行评议的相关论文展开》)。

11月28日, NBT杂志同样也发表了一篇完全由来自国外的多国科学家署名的题为“Failure to detect DNA-guided genome editing using Natronobacterium gregoryi Argonaute”的correspondence类型的文章,和11月15日 Protein & Cell的发文一样,NBT这一文章也直指NgAgo不能够进行基因编辑。同时,NBT编辑部还同时发了一个声明,声明称 NBT杂志社将在2017年1月底之前完成其调查并会公布最新进展。至此,三篇经过同行评议的学术论文共同剑指NgAgo的编辑功能(详见此前BioArt的报道《NBT发文表示无法重复NgAgo介导的基因编辑并发布编辑部声明》)。

此前(11月24日新华社的报道)有报道称,韩春雨曾告诉Nature说他已经发现了一个其他人在重复NgAgo时没有注意的问题,但他同时也表示他还在进一步验证,并有可能会通过发表部分数据和protocol来回应这一巨大的争议。

但质疑的证据还在不断浮现。在2016年12月6日bioRxiv在线发表了一篇题为“ No evidence for genome editing of the endogenous DNA in mouse zygotes and HEK293T human cell line using the DNA-guided Natronobacterium gregoryiArgonaute (NgAgo).”的文章,文章通讯作者就是推动NgAgo争议国际化的Gaetan Burgio博士。文章称他们在小鼠受精卵和293T细胞中都没有观察到NgAgo的任何编辑活性,即使NgAgo能顺利表达。文章直接下结论说“NgAgo不适合作为基因组编辑工具( NgAgo is unsuitable as a genome editing tool)“。再一次,NgAgo的编辑能力被赤裸裸的否定。

至此,质疑韩春雨关于NgAgo的证据已经非常充分和有说服力。科学发现容不得半点虚假,我们强烈期盼韩春雨老师能早日对这一争议做出应有的回应。

【论文摘要】A recently published research article reported that the extreme halophile archaebacterium Natronobacterium gregoryi Argonaute enzyme (NgAgo) could cleave the cellular DNA under physiological temperature conditions in cell line and be implemented as an alternative to CRISPR/Cas9 genome editing technology. We assessed this claim in mouse zygotes for four loci (Sptb, Tet-1, Tet-2 and Tet-3) and in the human HEK293T cell line for the EMX1 locus. Over 100 zygotes were microinjected with nls-NgAgo-GK plasmid provided from Addgene and various concentrations of 5′-phosphorylated guide DNA (gDNA) from 2.5 ng/μl to 50 ng/μl and cultured to blastocyst stage of development. The presence of indels was verified using T7 endonuclease 1 assay (T7E1) and Sanger sequencing. We reported no evidence of successful editing of the mouse genome. We then assessed the lack of editing efficiency in HEK293T cell line for the EMX1 endogenous locus by monitoring the NgAgo protein expression level and the editing efficiency by T7E1 assay and Sanger sequencing. We reported that the NgAgo protein was expressed from 8 hours to a maximum expression at 48 hours post-transfection, confirming the efficient delivery of the plasmid and the gDNA but no evidence of successful editing of EMX1 target in all transfected samples. Together our findings indicate that NgAgo is unsuitable as a genome editing tool.


本文经授权转载自公众号 BioArt(ID: BioGossip)。BioArt 致力于分享生命科学领域科研学术背后鲜为人知的故事。


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